La Ley Nº 24387 del Congreso de la República del 3 de diciembre de 1985, dispone la conformación de la Comisión Organizadora de la Universidad. La Primera Comisión, se instala el 30 de agosto de 1985 y funciona hasta el 30 de Agosto de 1986. La Asamblea Nacional de Rectores, por Resolución Nº 879-86-ANR del 12 de junio de 1986, con opinión del Consejo de Asuntos Contenciosos, resuelve reestructurar la Comisión Organizadora, conformada por cuatro profesores designados por la Promotora, dos profesores principales y tres estudiantes, elegidos por sus respectivos estamentos, se instala el 30 de agosto de 1986 y funciona hasta el 27 de abril de 1987. La Tercera Comisión Organizadora, se instala el 28 de abril de 1987 y cesa en sus funciones el año 1993.
La Asamblea Nacional de Rectores por Resolución Nº 1274-92-ANR de fecha 22 de junio de 1992, declara a la Universidad en proceso de evaluación final, a raíz de la presentación del Informe elaborado por una comisión presidida por el Ing. Oscar A. Delgado Aragón. A partir del 1.º de junio de 1992, se dispone que la Comisión Organizadora en funciones, continúe sus labores. Mediante la Resolución AU-005-99- II/G-UAC 18 de octubre de 1999 resuelve, aprobar el Proyecto de Creación de la Facultad de aprobar el Proyecto de Creación de la Facultad
de Medicina Humana y la Carrera Profesional de Medicina Humana.
Finalmente, mediante Resolución AU-007/SG-UAC de fecha 31 de octubre del 2007, se establece la Carrera de Medicina Humana, con la denominación de Programa 27 Universidad Andina del Cusco, Licenciada por SUNEDU y Acreditada Internacionalmente Escuela Profesional de Medicina Humana Académico Profesional de Medicina Humana que forma parte de la Facultad de Ciencias de la Salud. El proyecto definitivo de funcionamiento fue aprobado el 13 de marzo del 2009 por Resolución de Consejo Universitario N° CU-074-09/SG-UAC. Posteriormente se nombra la Comisión Implementadora del Programa Académico mediante Res. N° CU-077-09/SG-UAC de fecha 17 de marzo del 2009 e inicia su funcionamiento con la creación del ciclo propedéutico denominado Centro de PreMedicina Humana de la Universidad Andina del Cusco (CEPREMEDH-UAC), según Res. CU-118-09/SG-UAC del 19 de mayo del 2009. Se aprueba el Plan de Estudios codificado el 30 de marzo de 2010. La primera promoción de Medicina Humana ingresa a la Universidad en el semestre académico 2010-I. La primera promoción de egresados culminó su Internado Clínico (14° ciclo académico) a diciembre de 2016.
La Escuela Profesional se encuentra alineada con la Ley Universitaria Nº 30220, el Estatuto Universitario aprobado y promulgado por la Asamblea Universitaria mediante Resolución Nº 009-AU-2014-UAC del 07 de octubre del 2014, sus reglamentos y normas internas.
SIGNIFICADO DEL LOGO DE LA ESCUELA PROFESIONAL DE MEDICINA HUMANA
Representa el equilibrio saludable entre el área rural y el área urbana, en armonía completa con los elementos naturales del ecosistema andino. El Apu Kuntur expresa la desintoxicación de la materia viviente, y el varayoc de color verde, el conocimiento biomédico y médico que emana del equilibrio ecológico, entre los seres vivientes y la naturaleza.